Τέσσερα κακουργήματα ερευνούν οι εισαγγελικές Αρχές αναφορικά με τα οικονομικά της «Κιβωτού του Κόσμου»: Υπεξαίρεση, απιστία, φοροδιαφυγή και ξέπλυμα μαύρου χρήματος. Για τα πρώτα δύο αδικήματα απαιτείται έγκληση.
Δηλαδή, θα πρέπει το νέο ΔΣ της «Κιβωτού του Κόσμου» να υποβάλει έγκληση εντός 3 μηνών από τον εντοπισμό ενδεχόμενης διάπραξης συγκεκριμένων πράξεων σε βάρος της οργάνωσης. Ωστόσο, εκτιμάται ότι αυτό θα γίνει εντός της προθεσμίας που μετρά από την ολοκλήρωση του διαχειριστικού ελέγχου με την Εισαγγελία να μη δεσμεύεται να αρχίσει από τώρα την έρευνά της για αυτά τα αδικήματα. Τα υπόλοιπα αδικήματα, επίσης κακουργηματικού χαρακτήρα, διώκονται αυτεπαγγέλτως.
Ήδη, με παραγγελία του εισαγγελέα Πρωτοδικών, Ιωάννη Σέβη, ο οποίος θεωρείται εξειδικευμένος σε οικονομικά σκάνδαλα προς την Οικονομική Αστυνομία, θα πρέπει να διενεργηθούν συγκεκριμένες πράξεις προκειμένου να ριχθεί φως στα οικονομικά της «Κιβωτού του Κόσμου,» του πατέρα Αντώνιου, της πρεσβυτέρας και ακόμα 9 προσώπων.